部长级会议
是亚太经合组织决策机制中的一个重要组成部分，在每年领导人非正式会议前举行。会议的主要任务包括：为领导人非正式会议召开进行必要的前期准备；贯彻执行领导人会议通过的各项指示，讨论区域内的重要经济问题，决定亚太经合组织的合作方向和内容。部长级会议实际是“双部长”会，即由各成员的外交部长(中国香港和中国台北除外)以及外贸部长或经济部长、商业部长等(中国香港和中国台北派代表)出席。首次会议于1989年在堪培拉召开。
高官会议
始于1989年，通常由当年举办领导人非正式会议的东道主主办，每年举行3至4次会议，主要负责执行领导人和部长级会议的决定，审议各工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及其后续行动等事宜。高官会议下设4个委员会和11个专业工作小组
中小企业部长会议
目的正是为了找出影响亚太经合组织中小企业发展的领域，协调政策措施并讨论如何在这些方面加强合作，推动各成员中小企业的共同发展。中小企业在亚太经合组织经济体中占有重要地位。该地区95%的企业为中小企业，雇用了80%的劳动力，占国民生产总值的30%-60%和整个出口的35%。但由于规模和实力原因，中小企业在发展中遇到了特有的困难
秘书处
于1992年9月在新加坡设立，为APEC各层次的活动提供支持与服务。秘书处最高职务为执行主任，任期一年，由每年亚太经合组织会议东道主指派。副执行主任由下届APEC会议东道主指派，一年之后成为执行主任。
工商咨询理事会
1995年11月在日本大阪正式成立，前身是1993年成立的太平洋工商论坛。主要任务是对亚太经合组织贸易投资自由化、经济技术合作以及创造有利的工商环境提出设想和建议，并向领导人和部长级会议提交咨询报告。
妇女领导人会议
由亚太地区经济体中商业、政府、学术界和民间、社会等方面的妇女领导人组成，是亚太经合组织框架内形成的妇女论坛，它不设领导机构和常设机构。其目的主要是为亚太地区妇女设立一个进行交流的论坛。它提供、传播、推动并应用与性别相关的知识和信息，重点为各国中、小企业的女企业家开展经贸合作提供机会，并向亚太经合组织提出意见和建议。2000年文莱会议决定成立了由7人组成的妇女领导人会议协调组，负责承担宣传联络、监督、咨询等工作。妇女领导人会议每年举行一次，由当年亚太经合组织会议东道国主办，会议议题一般与政府会议主题密切相连。
